霉菌毒素能引起法氏囊、胸腺和脾脏等免疫器官萎缩，诱发免疫抑制。

霉菌毒素会造成经常性的拉稀，肠道病久治不愈，饲料便频繁发生，采食量大大减少，体重大大下降。

霉菌毒素具有极强的腐蚀性，对消化道的破坏相当严重。能引起口腔溃疡，嗉囊的炎症以及病情后期的假膜，溃疡性以及增生性腺胃炎，腺胃与肌胃交界处形成溃疡，肌胃角质膜易剥离。角质膜增厚以及角质膜下形成出血溃疡，肠道脆性增大，肠粘膜脱落、坏死。影响机体对营养物质的消化和吸收，饲料利用率和转化率降低。

霉菌毒素中毒可导致肝脏多灶性肝细胞坏死，肝细胞增生以及发病前期由于充血而呈暗红色，后期由于脂肪聚集呈黄色，但不管发病前期与后期都为橡皮肝的感觉。胆囊黏膜由于胆小管的增生和坏死而发炎，出现胆囊脆性增大的现象。  

霉菌毒素会造成种鸡产蛋下降、蛋壳质量下降、受精率和孵化率下降，孵化中胚胎死亡多见；霉菌毒素通过减少肝脏卵黄前体的合成和转运而对蛋鸡产蛋造成影响，采食量的下降以及料价比的不合理是母鸡性成熟延迟。