饲料组成是影响球虫病和坏死性肠炎发生的主要因素之一，对坏死性肠炎的影响尤其显著。以禾本科类谷物如小麦、燕麦等为基础日粮可增加这两种疾病发生的风险，这主要是这类饲料经胃消化后所形成的食糜与玉米为主要基础日粮的饲料相比，粘稠度显著增高，食糜在肠道滞留时间延长并改变肠道pH环境，显著增加球虫入侵和梭菌粘附、产毒素的几率，对坏死性肠炎发生的影响尤其显著。流行病学调查和实验研究都表明，当以小麦替代玉米后，坏死性肠炎发生率增加30~60%。饲料中粗蛋白的来源对坏死性肠炎和球虫病的发生也有影响，动物源粗蛋白如鱼粉、肉骨粉、羽毛粉等为主要粗蛋白的饲料更有利于坏死性肠炎的发生，乃因为动物性蛋白中甘氨酸和蛋氨酸含量较高，而这两者是产气荚膜梭菌生长的促进因子，此外，高动物性蛋白含量会升高肌胃的pH值，更有利于梭菌的生长繁殖。相似地，动物性脂肪也会增加回肠中产气荚膜梭菌的数量，会增加坏死性肠炎发生的风险。小麦和动物源粗蛋白中较高含量的锌也是坏死性肠炎发生重要预置因素。此外，饲料中任何能导致肠道pH值升高的因素都会增加坏死性肠炎和球虫病发生的风险。

饲料中存在的抗营养因子、真菌毒素及饲料颗粒等因素也会显著影响鸡球虫病和坏死性肠炎的发生和流行。如小麦和大豆等原料中存在的植物凝集素类、菜籽饼等中的丹宁类及植物源性的含氮的糖硫酸盐类（菜籽饼中含量较高）、生物碱类、萜类、多酚类等，不仅可与饲料蛋白质作用而影响粗蛋白的消化吸收，且可直接作用于肠道粘膜组织导致肠绒毛损伤，并改变肠道细菌的生长、肠道菌群组成和促进产气荚膜梭菌增殖，并可抑制免疫功能，可促进坏死性肠炎和球虫病的发生。真菌毒素作为一类自由基诱生剂在直接损伤肠粘膜结构的同时，对免疫功能产生强烈的抑制作用，有助于球虫病和坏死性肠炎的发生。

饲料添加剂对球虫病和坏死性肠炎的发生具有更直接、更显著的影响。抗球虫药物和抗菌药物类饲料添加剂的应用是预防控制球虫病和坏死性肠炎的主要手段，多数抗球虫药物尤其是离子载体类抗球虫药如莫能霉素、盐霉素、甲基盐霉素、马杜霉素等对产气荚膜梭菌也有较好的抑制作用，因此即使只使用这些抗球虫药物添加剂也可在一定程度上控制坏死性肠炎的发生。而抗生素类饲料添加剂也可因控制肠道细菌的生长、降低细菌对肠道粘膜的损伤对球虫病的预防有间接作用。添加饲用酶制剂如β-糖苷酶、木聚糖酶、植酸酶等通过加强对饲料中某些成分的降解消化、更快地产生多肽、寡糖等降低食糜粘稠度，有益于维持肠粘膜上皮的完整性，减少梭菌的粘附定植和球虫的入侵，降低坏死性肠炎和球虫病的发生风险。在饲料或饮水中添加酸化剂或有机酸可一定程度地抑制肠道中产气荚膜梭菌的生长繁殖，具有高解离常数的有机酸可减低肠道pH值而促进非致病菌的生长，那些低解离常数的有机酸则直接被细菌吸收，抑制细菌的生化代谢而阻断细菌增殖。由于乳糖在鸡肠道难以吸收，可以较高浓度直接进入盲肠，促进乳酸菌生长并抑制或排斥产气荚膜梭菌的生长。因此在饲料或饮水中适量添加少量乳糖（2~10%，随饲料添加、饮水添加或直接灌注的给予方式不同而不同）可有助于坏死性肠炎的控制。

任何引起或增加鸡群应激的因素都有可能影响球虫病和坏死性肠炎的发生，即使是饲料的有序变换也会有显著影响，如从雏鸡料变换成中鸡料的过程，即能加剧坏死性肠炎的发生风险。这主要是因为饲料变换可改变肠道粘膜上皮组织的结构和完整性。高密度饲养可能是饲养管理上最危险的风险因素。高密度饲养不仅可直接加剧垫料湿度，增加垫料和鸡舍环境中的球虫卵囊和产气荚膜梭菌芽孢数量，加剧接触传播和气溶胶传播；垫料湿度的加大，也在一定程度上更有利于梭菌增殖和球虫卵囊的孢子化发育。高纤维型垫料则通过加剧鸡肠道的磨损、引发局部炎症而有利于球虫入侵和梭菌的定植，促进这两种疾病的发生。

鸡群的免疫状态对球虫病和坏死性肠炎的发生几乎有决定性影响，任何免疫抑制性疾病的存在如马立克氏病、法氏囊病、白血病、鸡传染性贫血、霉菌毒素中毒等都会加重球虫病和坏死性肠炎的发病率、死亡率。临床调查和实验研究表明以传染性法氏囊病病毒强毒接种14日龄雏鸡后以107cfu产气荚膜梭菌，一日2次连续3天攻击雏鸡，结果100%雏鸡发生坏死性肠炎，死亡率也达到87.6%，肠道病变计分由仅攻击梭菌者的1分升高至3.5分以上，而单独攻菌的对照组发病率和死亡率分别仅只有13.6%和19.8%。相似地，以中等毒力的法氏囊病疫苗接种14日龄雏鸡，同时一日2次口服接种107cfu的产气荚膜梭菌连续3天，于17日龄时出现典型的坏死性肠炎病变，病变计分由单独攻菌者的0.6~1分升高至1.5~2分。可见免疫抑制对坏死性肠炎的巨大影响。相似地，许多实验研究数据也证明免疫抑制对球虫病的影响。