用抗生素对受感染的种鸡群进行药物治疗将有助于预防临床病变并降低产蛋损失。药物甚至可能会降低感染水平，但不会根除（净化）疾病，而且总是存在产生抗生素耐药性的风险。

消除MG的唯一可靠方法是减群和彻底消毒，这对许多家禽养殖场来说不是一个现实的选择。这就使得种鸡接种疫苗成为生产商降低损失的唯一选择。良好的接种疫苗，特别是如果加上良好的生物安全措施，有助于控制MG向其他鸡舍和农场的传播，并阻止感染从种鸡向后代的垂直传播。

感染MG的肉鸡应与MG阴性鸡群隔离。为感染MG的肉种鸡的肉鸡接种疫苗可能有助于降低损失，但应该使用温和的疫苗进行免疫，良好的饲养规范同样重要。

MG在鸡舍和鸡场中传播缓慢，因此有时间解决这个问题，但这种疾病仍然难以控制。在多日龄鸡场中，MG尤其难以控制。

为了首先预防MG，所有禽类，包括野生禽类，以及啮齿动物和其他哺乳动物都应该被认为是潜在的携带者，并远离家禽养殖场。

然而，人类是MG的主要机械载体。如果不采取适当的卫生预防措施，人们可以将MG携带到家禽养殖场。受污染的车辆、设备和污染物也会将MG带入农场。

影响MG传播性的其他因素包括菌株的毒力和混合感染。

不同支原体菌株的毒力存在很大差异。一些菌株非常温和，几乎不会引起疾病，而另一些菌株具有高致病性，会引起相当严重的疾病问题并导致产量急剧下降。

即使MG菌株本身没有造成直接的疾病问题，但由于MG可引起免疫抑制，促使其它病原体（如大肠杆菌）感染，发生更严重的疾病，即称为与MG的协同效应。比方说，如果鸡群是MG阳性，那么鸡群可能会有50%的死亡率，而不是20%的死亡率。

支原体是没有细胞壁的一类微生物，因此作用于细胞壁的抗生素无效。通常在种鸡育雏或育成期用药选择余地大。此阶段可以选择替米考星（如辰星）、林可大观（如维可观）、恩诺沙星（如华诺欣）、泰妙菌素（如欣支林）。当然四环素类如多西环素（力多美欣）、金霉素（金倍舒）等都有一定的效果。

在产蛋期，由于有些鸡蛋没有受精，可能需要食用，这就限制了抗生素的选择。两害相权取其轻，在MG感染最严重的时期选择使用抗生素，可以有一定的弃蛋期，但也没有太大损失。

肉鸡的抗生素选择必须严格遵守停药期，尽量在前期用药，一是预防性治疗可以更有效地控制感染；二是体重小，用药成本低；三是可以完美地度过停药期。