鸡球虫病是由顶复门、孢子纲、球虫目、艾美耳亚目、艾美耳科、艾美耳属的不同种艾美耳球虫同时或先后寄生于鸡肠道上皮细胞，致肠上皮细胞大量崩解、坏死、脱落、肠粘膜出血而引起的一种寄生原虫病。本病流行广泛，只要养鸡，就几乎不可避免球虫病的发生。在无有效防控措施或治疗不当的情况下，可导致高达60~80%以上的死亡率。我国养鸡业每年因球虫病造成的经济损失高达50亿元以上，仅仅药物一项就高达15.6~19.5亿元（平均每只肉鸡的抗球虫药支出约为0.12~0.15元）。
鸡的艾美耳球虫共有13种之多，但公认的鸡球虫只有7个种，即柔嫩艾美耳球虫（寄生于盲肠）、毒害艾美耳球虫（寄生于空肠）、布氏艾美耳球虫（寄生于直肠）、堆形艾美耳球虫（寄生于十二指肠）、巨型艾美耳球虫（寄生于空肠）、和缓艾美耳球虫（寄生于小肠）和早熟艾美耳球虫（寄生于小肠）。其中临床上最常发生的是柔嫩、堆形和毒害艾美耳球虫感染，且尤以柔嫩艾美耳球虫病（盲肠球虫病）最为常见。
这7种球虫中，尽管布氏艾美耳球虫毒力较强，但流行率甚低，生产实际中甚少发生；毒害艾美耳球虫是鸡的7种球虫中毒力最强的，但由于其自身繁殖潜力低，且生活史过程中其有性繁殖阶段与柔嫩艾美耳球虫竞争寄生的“小环境”，易为柔嫩艾美耳球虫“占位效应”所影响，卵囊产出较少，鸡舍环境中达到“致病剂量”卵囊数的时间相对延长（即所需生活史循环次数增多），在“快大型”肉鸡养殖生产中较少发生。近些年来，随着我国饲养肉鸡品系由引进的快大型白羽肉鸡逐步转向以国内品种为主选育的黄羽肉鸡品系，毒害艾美耳球虫所致的所谓“急性”小肠球虫病危害日渐严重，其流行率远高于国外报道。堆形艾美耳球虫可能是鸡的7种球虫中流行率最高的，但其毒力相对较弱，临床上多引致“亚临床型”或所谓慢性小肠（十二指肠）球虫病。巨型艾美耳球虫的毒力尽管与堆形艾美耳球虫相当或稍强，但其生殖潜力小于后者，且其免疫原性很强，在雏鸡入舍后的持续少量感染刺激下，可迅速产生坚强的特异性免疫力，故尔临床上较少见由巨型艾美耳球虫单一感染所致的小肠球虫病，但巨型艾美耳球虫感染却是鸡坏死性肠炎发生的最重要诱因或“预置因素”之一。从生物学特点来看，艾美耳球虫具有宿主种属和寄生组织特异性，即鸡的球虫只寄生于鸡，而不能感染或寄生于其它动物。鸡的7种球虫在鸡肠道内分别寄生于不同的肠段，如柔嫩艾美耳球虫仅寄生于盲肠；毒害艾美耳球虫的无性生殖阶段寄生于回肠（卵黄蒂前后），而有性生殖阶段则寄生于盲肠；堆形艾美耳球虫仅寄生于十二指肠及回肠前段；布氏艾美耳球虫寄生于直肠等。这种特性对鸡球虫病的临床诊断有一定意义。再者，由于鸡各种球虫的毒力和生殖潜力各有明显差异，不同种球虫感染致病的高发年龄段也有一定特征。如柔嫩艾美耳球虫毒力强、生殖能力强，在陈旧鸡舍因环境中存留少量卵囊，当雏鸡入舍后从环境中摄入残存的卵囊后就会开始其生活史循环，一般经2~3个生活史循环，垫料和鸡舍环境中的卵囊数就可能达到致病水平，故尔盲肠球虫病的高发年龄一般会出现在25日龄前后。
毒害艾美耳球虫尽管毒力很强，但由于生殖潜力低、且因柔嫩艾美耳球虫对盲肠的“占位效应”而竞争其有性繁殖阶段的寄生部位，使达到致病剂量的卵囊量的时间“延后”，故尔毒害艾美耳球虫所引起的“急性小肠球虫病”好发于35~45日龄间。且由于不同种球虫间无交叉免疫，因此在缺乏有效预防措施和预防不当的情况下，商品鸡场可先后数次发生球虫病（由不同种球虫所引起）。一般来说，首先发生的是以盲肠粘膜出血和排血粪为临床特征的盲肠球虫病，相隔一周或十数天后再次发生以“饲料粪”或“水样粪”为主要临床表现并以十二指肠粘膜“梯形坏死”为主要病变的堆形艾美耳球虫病或以暗黑煤焦油样血粪为临床特征、具有高死亡率并以小肠肿胀变脆、严重出血为特征病变的毒害艾美耳球虫病（急性小肠球虫病）。由于各种抗球虫药对不同种球虫存在效果差异，即使在饲料中添加抗球虫药，也有可能发生球虫病。如传统抗球虫药氨丙啉对毒害艾美耳球虫效果较弱，使用后在前期即或不发生盲肠球虫病的情况下，仍可能首先暴发急性小肠球虫病。另外，目前由于球虫抗药性的普遍产生，用药后仍发生球虫病的情况甚为普遍。
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