次级淋巴器官包括：骨髓、脾脏、哈德氏腺、结膜相关淋巴组织，支气管相关淋巴组织和肠道相关淋巴组织。

骨髓是造血器官，也是重要的免疫器官。骨髓能产生一种特殊的细胞，叫“多功能干细胞”，它随血液运行到机体不同部位，分化为不同的免疫细胞，例如运行到法氏囊就分化演变为B淋巴细胞，运行到胸腺就分化为T淋巴细胞，体内所有免疫细胞均由它分化而成。此外，骨髓本身也是多功能干细胞分化为某些免疫细胞的场所。

脾脏位于腺胃右上方，成年鸡的脾脏约有白果大，呈棕红色，近于球形。脾脏内有来自法氏囊的B细胞和来自胸腺的T细胞，是免疫应答的重要场所，也是产生抗体和效应细胞的重要场所。

淋巴组织肉眼明显可见的只有盲肠扁桃体，此外许多器官的粘膜层均有弥散性淋巴组织，眼部的哈德尔氏腺淋巴组织最为丰富。

免疫系统是指存在于鸡体内具有免疫功能的器官、组织、细胞(淋巴细胞等)和分子(抗体)组成的完整解剖系统、并具有一定生理功能的结构。免疫系统主要包括参与免疫应答的中枢免疫器官、外周免疫器官和各种免疫细胞。鸡及其他鸟类的免疫器官的结构和功能与哺乳类动物基本相似，但也存有一定的差异，其中最为重要的差别是鸟类有一个特殊的免疫器官—法氏囊；另外，鸡和大部分鸟类没有淋巴结而只有集合淋巴组织。